bio-applied-differential-binding

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v0.0.0Pavel-KravchenkoUnknownAktualisiert vor 3 Mon.Quelle →

Find ChIP-seq/ATAC-seq peaks that gain or lose signal between conditions using DiffBind (dba.count/dba.normalize/dba.analyze with DESeq2 or edgeR) on a consensus peak set, then annotate hits to genes/promoters with ChIPseeker annotatePeak. Use when comparing TF binding or histone marks across condit

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vor 3 Mon.Letzte Aktualisierung
Skill
AutorPavel-Kravchenko
Version0.0.0
LizenzUnknown
KategorieWorkflow
Formateskill.md
PromptNicht veröffentlicht
Kompatibilität
Claude✓ Unterstützt
Cursor—
Copilot—
ChatGPT—
Gemini—
Über

Find ChIP-seq/ATAC-seq peaks that gain or lose signal between conditions using DiffBind (dba.count/dba.normalize/dba.analyze with DESeq2 or edgeR) on a consensus peak set, then annotate hits to genes/promoters with ChIPseeker annotatePeak. Use when comparing TF binding or histone marks across conditions, building volcano/MA plots from dba.report() output, or annotating differential peaks to neares

Schlagwörter
skillclaude

Keine Abdeckung der Abhängigkeiten

Dieser Eintrag veröffentlicht kein npm-Paket, daher hat Forge keinen Abhängigkeitsbaum dafür. Das ist eine Lücke in der Abdeckung — keine Aussage, dass er keine Abhängigkeiten hat.